1、项目立项：对研发项目资料的归集和整理如立项决议书，项目计划书，编制项目研究开发人员名单，研发项目效用情况说明以及研发成果报告、可行性研究报告，项目概算、相关制度办法等资料的归集和整理
2、项目确认：是否符合国高技术领域和发改委等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南》规定项目。有分歧：提供地市以上科技部门认定意见。
3.1研发费用归集法律依据
116号第九条 企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理的计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
116号第十条 企业必须对研究开发费用实行专账管理，同时必须按照本办法附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。企业应于年度汇算清缴所得税申报时向主管税务机关报送本办法规定的相应资料。申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研究开发费用加计扣除，主管税务机关有权对企业申报的结果进行合理调整。
企业在一个纳税年度内进行多个研究开发活动的，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研究开发费用额。
3.2研究开发费用的归集
企业应对包括直接研究开发活动和可以计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写附2《高新技术企业认定申请书》中的“五、企业年度研究开发费用结构明细表”。
企业应按照样表设置高新技术企业认定专用研究开发费用辅助核算账目，提供相关凭证及明细表，并按《工作指引》要求进行核算。
4.加计扣除是指在企业所得税年度纳税申报时，企业对已经登记的研发项目所发生的研发费用，备案后享受税法规定的研发费用加计扣除优惠政策。
企业实际发生的研究开发费，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了进行所得税年度申报和汇算清缴时，再依照本办法的规定计算加计扣除。（国税发[2008]116号）
关于技术开发费的加计扣除形成的亏损的处理企业技术开发费加计扣除部分已形成企业年度亏损，可以用以后年度所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。（国税函【2009】98号 国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知 ）
2、项目确认：是否符合国高技术领域和发改委等部门公布的《当前优先发展的高技术产业化重点领域指南》规定项目。有分歧：提供地市以上科技部门认定意见。
3.1研发费用归集法律依据
116号第九条 企业未设立专门的研发机构或企业研发机构同时承担生产经营任务的，应对研发费用和生产经营费用分开进行核算，准确、合理的计算各项研究开发费用支出，对划分不清的，不得实行加计扣除。
116号第十条 企业必须对研究开发费用实行专账管理，同时必须按照本办法附表的规定项目，准确归集填写年度可加计扣除的各项研究开发费用实际发生金额。企业应于年度汇算清缴所得税申报时向主管税务机关报送本办法规定的相应资料。申报的研究开发费用不真实或者资料不齐全的，不得享受研究开发费用加计扣除，主管税务机关有权对企业申报的结果进行合理调整。
企业在一个纳税年度内进行多个研究开发活动的，应按照不同开发项目分别归集可加计扣除的研究开发费用额。
3.2研究开发费用的归集
企业应对包括直接研究开发活动和可以计入的间接研究开发活动所发生的费用进行归集，并填写附2《高新技术企业认定申请书》中的“五、企业年度研究开发费用结构明细表”。
企业应按照样表设置高新技术企业认定专用研究开发费用辅助核算账目，提供相关凭证及明细表，并按《工作指引》要求进行核算。
4.加计扣除是指在企业所得税年度纳税申报时，企业对已经登记的研发项目所发生的研发费用，备案后享受税法规定的研发费用加计扣除优惠政策。
企业实际发生的研究开发费，在年度中间预缴所得税时，允许据实计算扣除，在年度终了进行所得税年度申报和汇算清缴时，再依照本办法的规定计算加计扣除。（国税发[2008]116号）
关于技术开发费的加计扣除形成的亏损的处理企业技术开发费加计扣除部分已形成企业年度亏损，可以用以后年度所得弥补，但结转年限最长不得超过5年。（国税函【2009】98号 国家税务总局关于企业所得税若干税务事项衔接问题的通知 ）
